A partir de 1881 se inició la explotación del oro en el territorio. Los mineros establecidos en el norte de la isla, no tardaron en tomar contacto con los selk'nam, causándoles reiterados vejámenes, tales como la apropiación forzada de sus mujeres e incluso el asesinato de hombres con la consiguiente reacción violenta de los aborígenes.
Interesados en la explotación, arribaron a la isla distintas personas entre las cuales podemos mencionar un interesante personaje que fue el Ingeniero Rumano Julio Popper, quien en sus juventudes había recorrido ya diversos lugares del mundo, arribando a la Argentina en el año 1885, para trasladarse a Tierra del Fuego en donde se instaló en el paraje El Páramo en 1888. Dicho paraje esta ubicado al norte de la isla y allí el Ingeniero se dedicó a explotar la riqueza aurífera de las costas fueguinas, logrando éxito, poder y influencia en la zona, llegando a acuñar su propia moneda, un sello postal y creando un pequeño ejército particular, sobre el modelo prusiano.
Comienza la llegada de pioneros, atraídos tal vez por los comentarios acerca de la existencia de oro en Tierra del Fuego.Sin embargo una idea preocupa al Gobierno de la Nación, el interés en lograr la radicación definitiva de pobladores en este suelo. Es así que tomando como referencia la política de países como Francia e Inglaterra, el Gobierno Argentino vislumbra la posibilidad de instalar un presidio en el archipiélago fueguino. Varios fueron los intentos, hasta que se instala una prisión militar en la Isla de los Estados, siendo posteriormente trasladada a Bahía Golondrina, en las inmediaciones de Ushuaia, en 1902. Paralelamente se coloca la piedra fundamental del edificio que aún hoy se puede observar y que albergó presos comunes, militares, y en alguna ocasión políticos.
Esta institución que desde 1911 fue Presidio y Cárcel de Reincidentes de Tierra del Fuego significó, en la historia de la ciudad, un hito que marcó su perfil durante la primera mitad del siglo. Sus talleres de imprenta, fotografía, sastrería, zapatería, carpintería, panadería, servicio médico y farmacia, cubría las necesidades de una población separada de su centro de abastecimiento principal por una gran distancia y por los barcos que llegaban, con suerte, una vez al mes.
A principios de siglo el pequeño poblado vio con agrado la llegada de algunas familias de diferentes orígenes, croatas, españoles, libaneses, lituanos etc., los que por diversos motivos vinieron a Tierra del Fuego. Algunos, una vez finalizadas sus tareas decidieron radicarse y no regresaron a su país de origen.En 1947, el gobierno de la Nación decide cerrar la cárcel y la totalidad de las instalaciones son adquiridas por el Ministerio de Marina, creando en 1950 la Base Naval Ushuaia Almirante Berisso.La década de los '70 marca otra etapa en la historia de la ciudad, con la sanción de la ley de Promoción Industrial Nº 19.640, muchos argentinos originarios de otras provincias, se sienten atraídos por la posibilidad de trabajo y ahorro. Desde entonces Ushuaia ve multiplicada su población.